《告密者》分集剧情介绍如下：
第1集：故事始于1949年国民党溃逃前夕，他们安排了大批潜伏特务。时间来到1953年，北京一四合院内惊现一具埋藏了五年的尸骨。龙飞通过细致对比，发现死者实为被勒死，且与猪骨头存在明显差异。霍正萧因家中后院埋有弟弟尸骨而遭怀疑，但他已五年未开口说话。龙飞巧妙化妆成罪犯，与霍正萧共处一室，最终霍正萧吐露真相：其弟乃共产党烈士，五年前惨遭国民党迫害，他将弟弟尸体剁碎带回家中掩埋。被害前，霍正笙留下血书，提及“万能潜伏特务台”及“有人该死却没有死”，情报来源于“螺钉肩膀”。江南监狱旁公墓中的遗骨成为解开“万能潜伏台”之谜的唯一线索，龙飞等人随即前往江南监狱调查，期间戴秀雅的名字在他脑海中浮现。同时，解放前江南地下党组织领导人代号“猫眼”的蒋仁的遗骨也在此处，与他们同行的另一批人正是为调查蒋仁遇害事件而来。夜晚，龙飞听到女人诡异的哭叫声。
第2集：龙飞循声查看，发现哭声源自一堵墙的裂缝，拆墙后竟现五具被封闭的无头尸骨，其中两个封闭空间为空，龙飞怀疑这与“万能潜伏特务”有关。从资料中得知，1948年被关押的七个60岁以上的人与哭墙问题无直接关联，他们要找的是“该死没死的人”。与蒋仁同时被捕的有江灿英（代号孔雀）、孟凡（代号红隼）和龙飞当时的助手戴秀雅（代号鸽子），线索应藏于她们之中。应山红对孔雀问话，得知她们曾计划造成孔雀假叛变，指认红隼为“猫眼”，以掩护真正的“猫眼”。不久后，红隼和“猫眼”均被转移。
第3集：应山红从孔雀处获悉两个惊人情报：一是鸽子是龙飞的爱人，为配合工作假扮夫妻；二是蒋仁和孔雀是真爱人，且在孔雀被捕前不久刚举行婚礼。龙飞证实了这一情况，并表示自己最后与鸽子产生了感情，且认为鸽子在死和叛变之间会选择死。龙飞在哭墙尸骨肩膀上发现螺钉，确认这是万能特务一案的线索。1949年3月31日释放了七个人，五男二女，鸽子在其中，他们怀疑这七人对应哭墙里的七个空位。调查发现螺钉肩膀非正规手术，可能是江湖游医所为。应山红向江南监狱审讯专家杜盛奎了解情况，杜盛奎确认鸽子没有叛变，并证实了孔雀所说的假叛变情况。龙飞带着哭墙平面图去找杜盛奎，杜盛奎反问戴秀雅的尸体是否找到。
