《口袋妖怪珍珠》全流程攻略如下：
初始选择与双叶镇：选择主角性别，未选者成对手。在双叶镇家中看电视后与妈妈对话，前往对手家二楼，出门后前往村子上方的R - 201，在神事湖遇博士和副主角，选初始PM，对手选克制主角的PM。回双叶镇碰到博士，回家与妈妈对话得跑步鞋。
真砂镇与初始精灵获取：前往真砂镇找博士，进研究所正式获得初始PM和精灵图鉴，走出研究所后副主角介绍镇内设施，回家与妈妈对话得冒险笔记，帮对手妈妈送包裹给对手。
长寿市与技能获取：从真砂镇上方前往R - 202，副主角演示抓野生PM并给5个精灵球，之后前往长寿市。进城碰到副主角，去市内学校碰到对手，交东西得地图，打败学校右上角左边训练师得TM10觉醒之力，城市右边通往R - 203出口旁建筑中可拿先制之爪。
黑金市与徽章获取：在R - 203洞里遇男子得HM06碎岩，往右走出山洞到黑金市。在训练馆碰到对手，从城市下方进入矿场找馆主，回训练馆挑战得徽章和TM76 ステルスロック，HM06碎岩可使用。
帐幕市与大师球获取：飞回帐幕市，利用钥匙进入大楼左边小仓库，在地下仓库打败银河团员，捡到TM21、TM36、TM49和银河团钥匙，再次进入大楼打败银河团BOSS得大师球。
天眼山与神兽恢复：回天眼山，在洞窟和山顶深处打败银河团，3只神秘PM使神兽恢复正常，再次与银河团BOSS对战，打败后与神兽战斗并抓住。
名木市与最终徽章获取：前往林事湖，穿过R - 222到名木市挑战训练馆，打败馆主得徽章和TM57，在上方海边女子处获HM07登瀑。
冠军之路与四大天王挑战：从女子处往上冲浪进入冠军之路，走出后遇对手并开战，接着挑战四大天王和冠军，打败后成为新奥地区新冠军，一周目结束，通关后可捕捉神兽，旧版PM也会出现。
