南京大学是正厅级事业单位，但该校党委书记和校长是副部级干部。
在我国，公立高校多为公益二类事业单位，按办学层次和规模，本科院校一般是正厅级建制，专科院校为副厅级建制。南京大学作为教育部直属的公立本科院校，其单位行政规格为正厅级，从校内财务处、办公室等内设机构，以及二级学院正处级架构能得到印证。
不过，国内部分本科高校因教学实力、科研能力和治学水平突出，成为“中管高校”。中国有31所中管高校，南京大学位列其中，其党委书记和校长由中央委托中组部管理、任免，属于副部级干部，因此常被称为“副部级高校”。但需明确，个人级别不能等同于单位级别，中管高校本身仍为正厅级建制。
在人事管理方面，南京大学党政正职是副部级中管干部，其常务副书记、常务副校长为中管正厅级干部，其他副职是中管副厅级干部；而与江苏省属的正厅级高校相比，如江苏大学和苏州大学，其党政正职为正厅级省管干部，且不设常务副职，副校长为省管副厅级干部。
