长江比黄河深，最深处超过100米，而黄河最深处不超过10米。影响两河深度差异的核心因素与水系特征直接相关。长江发源于青藏高原，流经湿润地区，沿途有大量支流汇入，干流水量常年丰沛，尤其在湖北宜昌至江苏入海口的下游段，河床受冲刷作用明显。例如武汉段平均水深约30米，南京段主航道深度普遍在20-40米，局部凹陷区甚至达到百米。黄河作为“地上悬河”则呈现不同特征。自郑州桃花峪以下的河道因泥沙淤积，河床平均高出地面4-6米，开封段河床比城区高10米以上，虽然河道宽度可达5-20公里，但实际过水深度一般仅有2-3米，仅开封柳园口险工段测得最大水深9米。两河的航运价值对比也印证了深度差异。长江干线货运量连续18年居世界内河第一，5万吨级海轮可直达南京港；而黄河仅局部河段能通行50吨以下船舶，上下游断航率达70%。近年长江深水航道整治工程已使12.5米水深延伸至南京，黄河则在2023年启动实验性调水调沙，试图缓解“浅滩多、险滩密”的困境。若观察源头差异，长江正源沱沱河冰川融水量是黄河源头约古宗列曲的8倍。携带泥沙方面，黄河每年16亿吨输沙量约4成沉积在下游，长江近年通过三峡工程已将年均输沙量由5亿吨降至2亿吨，这使长江河床下切速度加快，局部河道五年加深了1.2米。
