中华人民共和国香港特别行政区驻军法第三章详细阐述了驻军与香港特别行政区政府之间的关系。第九条强调，驻军在履行防务职责时，不干预香港特别行政区的地方事务。
第十条指出，香港特别行政区政府应支持驻军履行职责，保障驻军及人员的合法权益，并在制定政策或拟定法案时，涉及驻军的议题时，需事先征求驻军意见。
第十一和十二条规定，驻军在进行训练、演习等军事活动时，若涉及公共利益，需事先通报政府。同时，驻军与政府共同保护军事设施，并划定军事禁区，政府协助驻军维护安全。
第十三条规定，驻军的军事用地在不再用于防务目的时，将无偿移交给政府。若政府需将部分军事用地用于公共用途，需得到中央政府批准，并为驻军提供新用地和设施，费用由政府承担。
第十四条规定，当政府在必要时请求驻军协助维持社会治安和救助灾害时，需经中央政府批准。驻军在接到中央军事委员会命令后，派出部队执行任务，并在任务完成后返回驻地。在协助执行任务时，由驻军最高指挥官或其授权军官指挥，驻军人员行使香港特别行政区法律规定的权力。
最后，第十五条规定，驻军与政府应建立联系，协商解决与驻军相关事宜，确保双方合作顺畅。
自1997年7月1日起，我国恢复对香港行使主权，中央人民政府负责管理香港特别行政区的防务，届时中央人民政府将派出军队，进驻香港，执行防务任务。为了保障香港驻军依法履行职责，维护国家的主权、统一、领土完整和香港的安全，全国人大常委会于1996年12月30日审议通过了《中华人民共和国香港特别行政区驻军法》，自1997年7月1日起施行。
