明朝末年，后金崛起，武林侠士何其武带领着武当派，抵抗外侵。何其武是武林领袖，其女何玉燕与二弟子耿京士私奔辽东。然而，回家途中，何其武遇害，嫌疑指向耿京士。首徒戈振军杀死了耿京士，何玉燕生下儿子耿玉京后自杀，同时无极道长也遭暗算。戈振军收养耿玉京，改名蓝玉京，成为无相真人关门弟子。十五年后，不歧传授似是而非的武功给蓝玉京，避免他知悉身世。无相真人临终前，决定让牟沧浪出家为掌门，引起内部矛盾。一天，自称昆仑弟子东方亮挑战武当，虽败于无名真人，但真相是他的徒弟。无相真人让蓝玉京下山，寻找慧可大师和七星剑客郭东来，这令不歧道长担忧。蓝玉京下山后，与东方亮比剑，剑术大成。在辽东，蓝玉京得知自己本名耿玉京，慧可大师遇害，牵出十五年前的悬案。原来，当年“小五义”间的恩怨导致一系列血案。耿玉京练成神剑，养父母与义父相继遇害，真相显示王晦闻与西门牧为罪魁祸首。耿玉京击败剑圣，揭示真相，西门燕随他行侠，耿玉京在战场上刺杀努尔哈切。东方亮继续游侠，牟一羽成为新掌门，武当派重振。三位“武当一剑”名震天下。
《武当一剑》是梁羽生武侠小说的封笔之作，原在书报上连载，但后来出版时因故删除了三分之一的内容，将连载时众多的重要人物都删去。小说以一宗十五年的悬案为线索展开情节，讲述了明末武当派门下耿玉京的传奇经历。
