东方神起现在只有两个人的原因是成员变动。具体来说：
一、成员起诉经纪公司并离队
在2009年，东方神起的成员金在中、朴有天和金俊秀因为与经纪公司SM之间的合同问题以及收入分配不公平，选择起诉SM公司。经过法律程序，三人在同年10月27日官司胜诉，随后宣布不再属于SM旗下艺人。这一事件直接导致了东方神起原五人组合的成员变动。
二、成立新组合JYJ
离队的三位成员在官司胜诉后，于同年12月21日成立了新的经纪公司C-jes Entertainment，并由该公司代理他们的经纪业务。随后，三人以JYJ（三位成员英文名首字母缩写）的组合名重新出发，进行演艺活动。
三、东方神起重组为二人组合
在三位成员离队后，东方神起剩余的成员郑允浩和沈昌珉在2011年1月5日以二人组合的形式重新复出。他们继续以东方神起的名义进行演艺活动，并取得了显著的成就，如成为首个完成五蛋巡演的韩国艺人以及在日产体育场举行单独演唱会等。
综上所述，东方神起现在只有两个人的原因是由于成员金在中、朴有天和金俊秀因合同和收入分配问题离队，并与原经纪公司解约，随后成立了新的组合JYJ进行活动。而郑允浩和沈昌珉则继续以东方神起的名义进行演艺活动。
