以下是《树影迷宫》的分集剧情介绍：
【1 - 4集】：1994年夏天，北京南城胡同少女小娟死于井中，看似自杀实则他杀，随后又有两名女孩接连遇害，引发民众恐慌。当时没有监控和DNA技术，老刑警冉曦带着徒弟赵赶鹅靠走访和推理查案，但因拆迁传闻被居民骂为“黑警”，凶手仍藏在暗处。
【5 - 8集】：警方锁定混混“刀疤刘”，但他有不在场的铁证。收废品的田浩频繁出现在案发现场，嫌疑增大。冉曦妻子刘北萍经营情趣店，意外透露死者均购买过同款发卡。赵赶鹅冲动抓人险些害死线人，被师父批评。
【9 - 12集】：在田浩家搜出带血榔头，田浩喊冤称遭刀疤刘栽赃，之后刀疤刘突然暴毙，线索中断。警方翻出10年前悬案，死者是冉曦初恋，赵赶鹅发现师父私藏受害者照片，怀疑其查案动机不纯。
【13 - 15集】：时间来到2012年，胡同面临拆迁，赵赶鹅已成经验丰富的警察，冉曦因执念太深被停职。最后一名受害者的妹妹黄玲回国追凶，拆迁队长离奇坠亡，口袋里有小娟的发卡，表明真凶从未离开。
【16 - 18集】：真凶是周卫平，他因开发商逼迁气死母亲，专杀“配合拆迁”家庭的女孩报复，杀小娟是因为她父亲签了拆迁协议。在废墟决战中，冉曦开枪击伤周卫平腿部，赵赶鹅将其逮捕。胡同拆迁建成高楼，师徒感慨终于走出迷宫。
