《云图》的大结局围绕两条跨时空核心故事线收尾，最终呼应“生命互联、反抗精神代代传承”的核心主题，具体内容如下：
2144年韩国克隆人线：反抗制度压迫的克隆人星美-451，发表反抗宣言后被统治当局抓捕，临刑前她向档案员完整讲述了自己的经历与思想。她的死亡并没有终结这份反抗精神，她的经历与宣言成为后世千万被压迫者心中的反抗火种，支撑着后人争取自由。
后末日夏威夷线：生活在原始部落的山谷人扎克里，在先知人梅丽尼姆的引导下，克服了心魔“老佐治”的不断蛊惑，成功启动外星求救发射器，向流亡在其他星球的人类发出了信号。回到村庄后他发现部落已经被食人族洗劫，随后他和梅丽尼姆联手消灭了食人族，最终二人一同离开地球，前往宜居的远方行星定居。
影片最后以扎克里向自己的孙辈讲述这段过往故事收尾，所有跨越数百年时空的故事，都通过角色身上相同的彗星胎记完成串联，最终点明核心主旨：我们的生命并非只属于自己，每一次善举与反抗，都会跨越时空影响后世，爱与追求自由的精神会跨越山海代代传承。
