元治2年(1865年)2月，山南敬助在新选组留下了“前往江戸”的纸条后，便脱离了组织。依据新选组的队规，脱队者将被判处死罪，因此近藤和土方派遣总司执行追捕任务，最终在近江国大津将山南拘捕并带回基地。
关于山南逃走的原因，存在多种说法。西村兼文，西本愿寺侍臣，推测是基地转移问题导致山南的决定。新选组将基地转移到西本愿寺后，因队员增多而使得基地空间狭小，且西本愿寺具有强烈的勤王色彩，与长州藩关系密切。土方则坚决反对寺方迁移基地的要求，中止行动。而山南作为勤王意志强烈者，对土方的行为表示不满，最终选择脱离新选组。
山南对于新选组的成立初衷——尊王攘夷，与实际操作中不断压迫勤王志士的情况产生了疑惑，从而决定离开。此外，有传言称山南与之后脱离新选组的伊东有秘密协议，故提前离开了新选组。
根据平成10年找到的浪士文久报国记事(永仓新八的手记)，元治元年(1864年)6月26日，山南因生病被从发生禁门之变的根据地调到新选组基地担任守备工作，无法被写入禁门之变的记载。这一情况使得山南对自身的病情感到困扰。
山南敬助(1833-1865)，全名山南敬助藤原知信，出身于陆奥仙台藩，在文武方面都相当优秀，而且个性也非常温厚，常被人亲切地叫做“山南先生”。在江户的千叶道场学习北辰一刀流之后出师，败在近藤勇手下而加入其门下。1863年，，以试卫馆一门的身分，与近藤勇、土方岁三等一同创立壬生浪士组。历任新选组副长、总长，一度受伤后经常卧病在床，之后脱离新选组遭到冲田总司逮捕，因而以切腹方式过世。
