《终极笔记》的结局是：黑瞎子不知所踪，小哥、胖子、霍老太太生死未卜，吴邪带上三叔的面具，准备以“邪帝”的身份去营救巴乃遇险的队伍。
具体情节如下：
小哥与霍老太太遇险：在结局部分，小哥（张起灵）和霍老太太手持错误的第三道密码进入了张家古楼。由于吴邪破解的第三道密码存在失误，导致他们可能面临极大的危险。吴邪因此深感自责，担心小哥的安全，决定返回巴乃营救。
吴邪的身份转变：为了营救小哥，吴邪接受了小花（解雨臣）的建议，戴上了三叔的人皮面具，准备以三叔的身份继续生活，并以此为掩护前往巴乃。这一决定标志着吴邪从单纯的探险者向更复杂、更隐秘的角色转变。
“它”的含义揭示：在剧中，“它”一直是一个神秘而强大的存在，九门几代人都在与之对抗。在结局中，吴邪给出了对“它”的解释——“它”不是一个人，也不是一个组织，而是自古以来所有想获得长生者的总和。这种精神上的蛊惑使得“它”无所不知、无所不在。这一解释既解答了观众的疑惑，也为整个故事增添了更深的哲学思考。
总结：
《终极笔记》的结局留下了诸多悬念和未解之谜，不仅让观众对后续故事充满期待，也引发了关于人性、欲望和长生的深刻思考。吴邪的身份转变和小哥等人的生死未卜为故事增添了更多的不确定性和复杂性。
