主要区别有，性质不同、长度不同、组成不同、功能不同，具体如下：
一、性质不同
1、纤毛
纤毛是细胞游离面伸出的能摆动的较长的突起，比微绒毛粗且长，在光镜下能看见。
2、鞭毛
鞭毛是长在某些细菌菌体上细长而弯曲的具有运动功能的蛋白质附属丝状物，称为鞭毛。
二、长度不同
1、纤毛
纤毛一般长5～10微米。
2、鞭毛
鞭毛一般长约150微米。
三、组成不同
1、纤毛
纤毛本体、基体和纤毛小根组成。
2、鞭毛
有基础小体、钩状体和丝状体三部分组成。
四、功能不同
1、纤毛
纤毛的功能是能定向摆动，排出上皮表面的尘埃和细菌等物，纤毛的摆动与微管的相互滑动有关。
2、鞭毛
鞭毛是细菌的运动器官。鞭毛菌在液体环境下可自由移动，速度迅速。
①、 化学趋向性运动，有助于细菌向营养物质处前进，而逃离有害物质。
②、与细菌致病性相关。
③、 可用以细菌的鉴定和分类 。
参考资料来源：百度百科-纤毛
参考资料来源：百度百科-鞭毛
