《苍兰诀》大结局分为主线结局和配角结局，剧集整体是圆满结局。
主线结局方面，小兰花复活后化身神女息芸，为守护三界假意与长珩大婚，实则打算牺牲自己消灭凶神太岁。东方青苍发现真相后，决定替小兰花赴死，诱骗太岁入体并自爆元神，然而却被太岁控制。最终小兰花以吻唤醒东方青苍，含泪将其斩杀，太岁也彻底被消灭。五百年后，东方青苍以元神重塑归来，和小兰花终成眷属，二人在苍兰殿相守。
配角结局方面，有多个走向。结黎与觞阙修成正果；长珩辞去战神之位去游历四方，丹音立志成为新一代战神；仙族与月族摒弃前嫌，三界重归和平。
此外，小说和漫画结局也稍有不同。小说中东方青苍与小兰花破除万难，婚后居住于苍兰殿，番外中育有一子；漫画里二人历经虐恋后幸福相守，并有了爱情结晶。剧集以“双向救赎”贯穿全剧，东方青苍“守护你，是我的使命”与小兰花“爱苍生也爱一人”的抉择，成为结局催泪点，最终的圆满结局满足了观众期待。
