在军阀混战的年代，《新少林寺》讲述了一个英雄救国救民的故事。骁勇善战却欺压平民的军阀少帅侯杰（由刘德华饰演），遭遇了看似兄弟的副官曹蛮（由谢霆锋饰演）的背叛，妻子颜夕（由范冰冰饰演）离他而去，女儿也在战乱中丧生。这无尽的仇恨让侯杰陷入深深的痛苦之中。
在这样的困境中，侯杰遇到了一位与众不同的煮饭僧悟道（由成龙饰演），这位僧人虽然长居少林厨房，却对佛学有着深刻的领悟。悟道的智慧和慈悲让侯杰逐渐从仇恨中解脱出来。在悟道的帮助下，侯杰结识了三位少僧：净能（吴京饰演）、净海（余少群饰演）和净空（释延能饰演）。
侯杰和这些少僧们逐渐化敌为友，共同面对着战争的残酷。在一次偶然的机会下，侯杰经历了大彻大悟，最终决定出家为僧，以慈悲和智慧引领着僧众们。
面对曹蛮及其手下索降图（由熊欣欣饰演）的威胁，侯杰带领僧众们誓死保护战火中的灾民以及少林寺的安全。在这一过程中，侯杰和僧人们不仅展示了无尽的勇气和智慧，更展现了佛教中‘慈悲为怀’的精神。
在故事的最后，侯杰不仅成为了一位真正的僧人，也成为了保护百姓、维护和平的英雄。他带领僧众们用实际行动践行了‘慈悲’和‘智慧’的价值观，成为了人们心中的英雄。
