在抗日战争烽火连天的岁月里，国民党情报机构为了执行特殊任务，特别组建了一个特别小分队——女子别动队。这个队伍由一群坚韧的女性组成，她们肩负着深入敌后刺探情报和暗杀敌方将领的重任。在经历了严格的训练之后，这些女战士们怀揣着爱国抗日的决心，义无反顾地投入到敌后行动中。
故事围绕着民族资本家王尧翁展开，他因日寇的迫害而面临困境，为保全自身利益，他与国民党军长于子才达成协议，组建女子别动队以对抗日寇和汉奸。于子才挑选了杨干乔来执行名为“蓝色铁锚行动”的训练任务，八名年轻且各具背景的东北流亡女青年在深山军营中接受严酷的体能、技能和心理训练。然而，训练期间王尧翁的军饷和军械被黑帮头子田八爷与日伪勾结截获，这促使于子才决定启用女子别动队，以实战实习为名铲除田八。在这个过程中，女子们凭借勇气和智谋成功完成任务，但贾萍为此付出了生命的代价。
然而，随着剧情的转折，王尧翁和于子才为了个人利益，背离了抗日大义，投靠了汉奸。女子别动队成员林曼云以舞女身份接近汉奸头目宋宝先，但行动失败，林曼云被迫服毒自尽。菲菲得知真相后，冒着危险救出阿芳，并在关键时刻进行复仇，最终与敌人同归于尽。阿芳在前往延安的道路上，独自继续抗日救国的使命。
《女子别动队》是珠江电影制片公司1989年出品的电影。其内容讲的是肖洁抗日战争时期，敌占区民族资本家王尧翁为自保，提出与结拜兄弟―国民党某军长于子才合作，训练一支对抗日本人的女子别动队。于子才派杨干乔负责此事。8名流亡女青年怀着爱国热情在深山投入严格训练。
