侍从室，作为蒋家王朝的“内廷”，其架构与清朝的军机处颇为相似。蒋介石在江西与红军作战期间，为了加强随行人员的管理与调动，采纳了政学系政客杨永泰的建议，将随行参谋与侍从人员组建为“侍从室”。此建议正合蒋介石心意，于是他利用对江西用兵的时机，仿效清朝，建立了自己的军机处——侍从室，列入了南昌行营的编制。
1936年1月，侍从室进行了正式的改组，全称为“国民政府军事委员会委员长侍从室”，下设第一、第二两个处，后来又增设了第三处。每处各有三个小组，分工明确，各司其职：
此外，蒋介石的安全保卫工作由一警卫大队负责，并设立侍卫长来统一指挥其行动。
改组后的侍从室，是一个集军务、政治、人事大权于一身的统治机构，对国民政府各部形成了凌驾之势。1937年，军委会确认侍从室在驻留时与办公厅紧密联系，负责传递机要信息，行动时随侍蒋介石。
侍从室的改组带来了权力结构的显著变化。改组前，除了蒋介石的亲笔手令，一般机密文件都需要加盖军委会官印；改组后，侍从室直接发出重要机密文件，监印室的职能几乎被边缘化。侍从室的建立，为蒋介石的内廷生活提供了稳固的支持。
侍一处主任作为军事幕僚长，负责综理机要、参赞军机、传布命令与协调关系。侍一处主任职位频繁更换，任期通常在一年左右，最长不超过两年，以防止人员势力的膨胀，确保权力的集中控制。
侍二处主任陈布雷则始终担任十年，是蒋介石重要的笔杆子，负责政治、党务与秘书业务。侍二处的核心是第四组，负责处理行政院所属各院、部、会，以及国民党中央执行委员会的文电。陈布雷负责的重要文电，是蒋介石权力的核心支撑。
侍三处主任陈果夫，负责人事管理，建立了一套完整的人事登记制度，主要通过中央训练团联络、吸收、甄选人才。侍三处的人事控制中心性质明显，通过CC系特务组织拉拢与监控顶级人才，以及学员的思想动态。
在控制军统、中统两大特务组织时，侍从室发挥了关键作用。这些特务组织向蒋介石提供的密报文件，一般由侍一、侍二处分别处理。侍从室在人员选拔上极为严格，流程复杂，强调黄埔背景、服务年限与保荐人的推荐，最终由蒋介石亲自面审，确保人选的可靠性。
1945年11月底前，侍从室的三个处全部撤销，其业务分别编入国民政府（后改称总统府）的参军、文官两处机构中，成立了军务、政务两局。侍从室的历史自此终结。
