琅琊榜中赤焰军被陷害的原因主要有以下几点：
一、政治权力斗争
赤焰军作为大梁最强大的战队，其主帅是祁王的舅舅，拥有强大的军事力量。这种力量在政治斗争中往往成为被攻击的目标。夏江，为了保住自己手中的权利，开始设计陷害赤焰军。他诬告赤焰军有谋逆之心，并将谋逆的主使指向祁王，以此挑拨皇上与祁王之间的关系。
二、皇上与祁王的矛盾
皇上与祁王在政治理念上存在很大的分歧，二人的性情差距也特别的大，这使得他们的矛盾日益增大。夏江和璇玑公主正是利用了这一点，他们知道皇上对祁王的兵权和影响力感到忌惮，因此计划除掉赤焰军和祁王，以顺应皇上的心意，同时也为皇上分忧。
三、璇玑公主的复仇计划
璇玑公主是赤焰军冤案的另一重要推手。她想报赤焰军的灭国之仇，因此与夏江联手计划除掉赤焰军和祁王。璇玑公主深谙皇上的心思，她的计划不仅符合夏江的权利保护需求，也顺应了皇上的意愿，因此得以顺利实施。
四、赤焰军的悲惨结局
由于上述原因，赤焰军被诬陷并遭到了残酷的打压。这一事件不仅消灭了庞大的赤焰军，也使得祁王等忠臣良将遭受了不白之冤。璇玑公主虽然达到了自己的目的，但最终也被囚禁在掖幽庭，她的所作所为引起了观众的广泛愤怒和不满。
综上所述，琅琊榜中赤焰军被陷害的原因涉及政治权力斗争、皇上与祁王的矛盾、璇玑公主的复仇计划以及赤焰军的悲惨结局等多个方面。
