D3206次动车途经站点因终点站不同存在差异，主要分为全程到南通和到上海虹桥两种情况：
若终点站为南通，途经站点依次为：厦门北、晋江、泉州、莆田、福州南、罗源、宁德、霞浦、苍南、温州南、仙居、磐安、横店、义乌、杭州西、湖州东、盛泽、苏州南、上海虹桥、常熟、张家港、南通。该线路覆盖福建、浙江、江苏三省，串联起沿海与内陆重要城市，其中杭州西、湖州东等站为近年新增枢纽，强化了区域交通联系。
若终点站为上海虹桥，途经站点则调整为：厦门北、晋江、泉州、莆田、福清、福州南、宁德、霞浦、苍南、温州南、乐清、温岭、三门县、宁波、余姚北、绍兴东、杭州南、杭州东、嘉兴南、金山北、上海虹桥。此路线更侧重浙江东部沿海城市，如宁波、温州等经济重镇，同时通过杭州东、嘉兴南等站接入长三角核心交通网，凸显商务与旅游出行需求。
需注意以下关键点：
以上信息综合多源资料整理，具体停靠站以铁路部门实时公布为准。
