《锦绣芳华》第二季剧情围绕多条线索展开。
首先是县主李幼贞的故事。3年前她被父亲宁王当成联姻工具嫁给武凭之，武凭之名声不佳，李幼贞在婆家处境狼狈。在她生日当晚，武凭之不肯留房，两人推搡中，李幼贞被打后用凳子砸向武凭之后脑勺，武凭之要休她，她索性补刀并烧尸。丧期未过她就回宁王府找刘畅，却发现刘畅已爱上何惟芳，她三番五次想置何惟芳于死地，还想火烧何惟芳在乎的芳园，认为这样就能和刘畅在一起，却不知他们之间情分已荡然无存。
其次，杨紫饰演的牡丹延续第一季创业劲头继续搞事业，用下药毁容反击坏老婆，展现新时代独立女性形象。该剧24集精编模式不注水，实景拍摄、手工刺绣服装等制作精良，专注事业线，将女性独立拍出新高度。
另外，秦胜意在第一部中努力挣脱困境，却最终走进王擎的幻象中失去生命。第二部里莲舟作为宁王棋子对何惟芳下手，紧要关头减少药量毒哑了她。何惟芳识破后给莲舟两条路选择，莲舟却因自身认知，认为权势高于一切，且看到何惟芳依靠蒋长扬，不相信女性可完全依靠自己，最终选择回到宁王身边。而何惟芳自己在蒋长扬被诬陷入狱时，虽保住万贯堂和蒋府，但看到蒋长扬接送萧雪溪后也会自卑，不敢相信蒋长扬会爱上自己。
