目前并没有爆发过大规模中菲海战，但有小规模冲突事件。
网络曾流传1994年中菲南钥岛海战，称菲律宾海军骚扰中国渔民，中国海军护渔时遭菲方开炮，随后中方还击，击毁2艘菲巡逻艇，毙伤敌军数十人，还摧毁岛上非法建筑，但未留守致菲方重新占据。不过，该事件真实性存疑。网上缺乏双方参战舰船资料，也无参战人员回忆文章；若海战发生，菲律宾不太可能忍气吞声不宣扬；中国在有能力实控情况下却未留人驻守南钥岛也不合逻辑。有观点认为该事件原型可能是1996年1月22日两艘不明国籍船只与菲海军巡逻艇的冲突。
此外，2024年5月1日，中菲在黄岩岛附近发生碰撞事件。2艘菲律宾船只试图突破中方阻拦，强行登陆黄岩岛，中方海警船对其驱离，双方船只发生碰撞，菲方船只受轻伤后悻悻而逃。
